<동아일보>는 8월 12일자 사설에서 '40대 장관 없어서 국정 엉망인가'라는 제목으로 현 정부의 인사정책을 '청와대는 적재적소를 가릴 본질적 조건들은 제쳐두고 나이를 우선적인 기준으로 삼아 인위적인 세대교체 한다'는 비판으로, 청와대 균형인사 비서관실은 '동아일보의 상상력은 그 수준이 너무 상식의 범위를 초월하여 경탄스러울 정도'라는 반박으로 또다시 난타전을 벌이고 있다.

<동아일보> 사설은 '청와대는 적재적소를 가릴 본질적 조건들은 제쳐 두고 나이를 우선적인 기준으로 삼아 인위적인 세대교체를 하려는 듯이 보인다…단순히 나이를 잣대로 세대교체를 주장하는 것은 다른 뜻이 있다는 의심을 살만하다. 세대까지 편 갈라 정치적 바람을 만들려는 의도가 읽히기 때문이다' 등의 내용을 담고 있다.

청와대 균형인사 비서관실은 16일 청와대 홈페이지를 통해 이같은 동아일보의 비난을 '동아일보는 숨겨진 의도를 가지고 사실을 왜곡함으로써 지역 간 분열에 더하여 세대 간 분열까지 유도'한다고 반박하며, 참고 자료로서의 보고서를 마치 당장 40대 장관만으로, 그것도 40대 중 특정집단 즉, '현 정부의 인적 토대인 386 세대의 전진배치를 염두에 두고' 보고서를 작성, 발표한 것처럼 악의적으로 확대해석하고 있는 동아일보의 상상력은 그 수준이 너무 상식의 범위를 초월하여 경탄스러울 정도라고 비난했다.

또한 OECD 및 역대 정부 고위직의 성별·연령별·직업별 분포에 대한 분석을 바탕으로 앞으로의 인사운영을 보다 다양화할 필요가 있다는 참고용 자료라고 밝히면서, 보고서의 작성 계기가 ▲조직 내에서 순혈주의가 지니는 경직성을 극복하고, 균형적인 인사를 함으로써 조직의 경쟁력을 강화해나가야 한다는 문제인식에서 출발 ▲최근 고위직 인선과정에서 도덕성의 문제가 지속적으로 제기됨으로써 검증시스템 강화, 청문회 제도 도입 등 문제극복을 위한 방안을 모색함과 동시에 외국의 사례를 토대로 인적 구성의 다양화를 검토하게 된 것이라고 밝혔다.

청와대 비서관실은 50대 장관이 주축을 이루고 있는 내각에 능력이 출중한 40대 장관을 발탁, 배치가 무엇이 문제냐고 반문하고, 언론의 첫 번째 사명인 사실에 기초한 건전한 비판과 올바른 여론형성을 바탕으로 국민통합과 국가발전을 위한 건전한 담론의 장을 제공하라며 비난했다.

반면 동아일보는 지난 12일 '04년 7월 <청와대브리핑>에 실린 양정철 당시 국내언론비서관(현 홍보기획비서관)이 기사를 작성·게재한 '조선·동아는 저주의 굿판을 당장 걷어치워라' 등의 글에 대해 청와대를 상대로 제기한 손해배상 청구소송(서울중앙지법 민사합의26부,조해섭 부장판사)에서 원고패소 판결을 받으며 청와대와의 일대 접전에서 패배를 당했다.

양 비서관은 '04년 7월 9일자 <청와대브리핑>에 '조선·동아는 저주의 굿판을 당장 걷어치워라/행정수도 보도 4대 모순…부끄럽지 않은가' 제하 글에서 동아·조선일보의 관련기사 통계치를 제시하며 이들 신문의 신행정수도 관련 보도가 가치중립성을 상실했다고 지적했었다.

또 박정희 전 대통령이 1977년 서울시 연두보고에서 행정수도 구상을 밝히자 이에 대한 적극적인 지지의사를 밝힌 사례 등을 제시하며 "오락가락 논조로 국민들에게 혼란을 안긴 전비를 뉘우쳐야 한다"고 촉구했으나, 동아일보로부터 '04년 9월 '청와대가 행정수도 이전과 관련한 자사 보도를 비난하면서 허위사실을 유포해 명예를 훼손했다'며 김우식 비서실장, 이병완 전 홍보수석비서관, 양정철 비서관 등 3명을 상대로 10억원의 손해배상 청구소송을 제기 당한 바 있다.